En este periodo, se presentaron estrenos de compositores mexicanos, nuevas producciones y reposiciones de obras que forman parte del repertorio tradicional de la Compañía. De esta manera, se llevó a cabo el estreno mundial de la ópera Alicia del compositor mexicano Federico Ibarra, y se repusieron piezas de repertorio, como Madama Butterfly y La Bohéme, de Puccini; L'elisir d'amore, de Donizetti y La Cenerentola, de Rossini.

Entre los cantantes que encabezaron los repartos, se contó con la presencia de la soprano japonesa Yoko Watanabe, en Madama Butterfly, de Puccini; del tenor español Plácido Domingo, en Samson et Dalila, de Saint-Saëns; y de los tenores mexicanos Francisco Araiza, Fernando de la Mora y Ramón Vargas, en distintos montajes, por mencionar algunos ejemplos.

Una de las producciones más importantes para la temporada 1996, fue Tristan und Isolde, de Wagner considerada uno de los montajes más difíciles dentro de la ópera, resuelto por Sergio Vela. Para esta ocasión, el director concertador fue Guido Maria Guida, quien participó también en otros montajes durante las diversas temporadas desarrolladas entre 1995 y el año 2000.

Se presentaron obras como La mulata de Córdoba, de José Pablo Moncayo; La vida breve, de Manuel de Falla; la zarzuela Luisa Fernanda, de Federico Moreno Torroba; y el estreno en México de Florencia en el Amazonas, de Daniel Catán, en versión para concierto.

También se realizaron coproducciones con teatros extranjeros, entre ellas Un ballo in maschera, de Verdi con el Teatro Principal de Palma de Mallorca; el Festival de Ópera de Oviedo; la Asociación de Amigos de la Ópera de Coruña y el Palacio del Festival de Cantabria, y Samson et Dalila, de Saint-Saëns, con el Teatro Colón de Buenos Aires.

Además de la calidad de los repertorios y la diversidad de sus intérpretes, la Compañía contó con la participación de escenógrafos, directores de escena y realizadores de vestuario de primer nivel.