Dentro de la diversidad de servicios con los que contó la Pinacoteca Virreinal, se ofrecieron visitas guiadas para escolares y público en general; presentaciones de libros y celebración de conciertos, así como actividades infantiles de teatro y dibujo.

Entre septiembre de 1998 y mayo de 1999, la Pinacoteca cerró temporalmente sus puertas al público para realizar la conservación y rescate del Claustro del ex convento de San Diego, con el apoyo del inba y de la Asociación Amigos del Museo. Los trabajos consistieron fundamentalmente en la reconstrucción de la nave principal, impermeabilización de techos y la instalación a lo ancho de la estructura referida de una mampara de vidrio con el objeto de preservar las obras de la contaminación ambiental, así como dividir la sección de servicios.

A partir de abril del año 2000 la Pinacoteca Virreinal cambió su vocación, convirtiéndose en el Laboratorio de Arte Alameda, con el propósito de propiciar un escenario para las manifestaciones contemporáneas del arte tales como performance y videoinstalaciones, entre otras expresiones. La exposición inaugural de esta nueva etapa del recinto fue "Juicio final (Encuentros)".

Las obras de arte virreinal pertenecientes al acervo de la Pinacoteca se integraron a las colecciones del Museo Nacional de Arte.

Ex Teresa Arte Actual

Con su apertura en 1993, se favoreció un recinto destinado al arte especializado en tendencias, lenguajes y soportes contemporáneos. Debido a estas características se ha convertido en un lugar de experimentación artística para numerosos jóvenes creadores, que ofrece al público la posibilidad de conocer importantes obras de distintas partes del mundo.

En este recinto se impulsó un ambicioso programa educativo a fin de desarrollar un proyecto integral, mismo que contó con el apoyo de artistas, curadores y críticos como Gabriel Orozco, Ouki Enwezor y Richard Martel. Punto de convergencia, Ex Teresa Arte Actual estimuló la participación de personas atraídas por las tendencias visuales de nuestra época.

Para el logro de sus propósitos, opera un Centro de Documentación que brinda información sobre performance, instalación, arte objeto y otros géneros considerados dentro de las artes no convencionales que se generan en Latinoamérica. Brinda datos biográficos y registros visuales tanto de artistas mexicanos que trabajan dichas expresiones, como de creadores extranjeros vinculados con México, además de publicaciones especializadas, música experimental, revistas, estudios, ponencias, tesis profesionales y ponencias de diversos especialistas.