Con ello se estableció la posibilidad de un diálogo con el arte contemporáneo, vinculado estética o temáticamente con la vocación y el acervo del museo, que tuviera en los años por venir cabida en el mismo. De igual forma, este proyecto implicó un nuevo discurso museológico y museográfico, incorporando estrategias de interpretación y cambios en los diferentes programas de trabajo.

En un principio, el patrimonio del munal se conformó con un fondo proveniente de varios museos del propio inba. A través de los años, se incrementó con programas de adquisición de obra y donaciones de particulares. A partir del año 2000, como fruto de dicho proyecto, fue incorporado el acervo de la Pinacoteca Virreinal, recinto que fue destinado a otro uso.

A partir del proyecto munal 2000, este espacio se concibe para coleccionar, conservar, estudiar, exhibir, interpretar y comunicar el arte mexicano desde el siglo xvi hasta la década de 1950 y algunas resonancias de sus temas y planteamientos formales, representados en nuestro arte contemporáneo.

Con el fin de enriquecer el discurso museológico de su exposición permanente, se realizaron numerosas muestras temporales, buscando analizar, estudiar y profundizar en aspectos poco conocidos de la plástica nacional. Ejemplo de lo anterior fueron las muestras "Joaquín Clausell y los ecos del impresionismo en México"; "Posada y la prensa ilustrada: Signos de modernización y resistencia"; "Art-Déco. Un país nacionalista, un México cosmopolita"; "El cuerpo aludido: anatomías y construcciones. México, siglos xvi-xx"; y el ciclo "Los pinceles de la historia", dividido al finalizar el año 2000 en dos muestras sucesivas, "Los pinceles de la historia. El origen del reino de la Nueva España, 1680-1750"; y "Los pinceles de la historia. De la patria criolla a la nación mexicana, 1750-1860".

Por otra parte, el munal implementó dos programas dirigidos a fortalecer sus servicios educativos: desarrollo de audiencias y estudios de público; y el Programa de Interpretación, dividido en Interactuarte e Integrarte, este último dirigido a implementar proyectos para públicos diversos (tercera edad, personas con necesidades educativas, niños y jóvenes de la calle y maestros).