La reestructuración académica fue también resultado de un intenso diálogo entre autoridades, profesores, investigadores y artistas. Se definió en tres módulos: sustantivo, compuesto por las materias específicas de cada disciplina; de concentración complementaria, que permitió al alumno explorar campos específicos de su carrera y vincularse así al medio profesional; y de cultura integral, orientado a la exploración de espacios comunes entre disciplinas.

A partir de la inclusión de los módulos de cultura integral en los planes de estudio, alumnos de diferentes carreras y vocaciones pudieron reunirse y reflexionar sobre la teoría e historia de las artes, con lo cual fortalecieron y ampliaron sus procesos de aprendizaje.

En el mismo sentido, la infraestructura, instalaciones y equipo con que contó el cenart posibilitaron esta formación integral a la cual se sumó a su vez el manejo de nuevas tecnologías.

Se estableció un mecanismo para evaluar críticamente los resultados de la actualización y puesta en marcha de los nuevos planes de estudio. Igualmente, se implantó un sistema de análisis del perfilde ingreso y egreso de los alumnos para analizar cuantitativa y cualitativamente el perfil de los futuros artistas.

Por otra parte, la búsqueda de excelencia en la expresión artística se basó en la apropiación y dominio de las técnicas propias de cada disciplina, en relación con otros campos del arte. Para ello se impulsaron actividades enfocadas a la actualización docente para cumplir con los requerimientos de los nuevos planes de estudio.

En 1995 se pusieron en marcha diversos seminarios con la participación de maestros, investigadores y artistas de las escuelas y centros de investigación. Destacaron los seminarios de "Estudios interdisciplinarios", "Pensamiento complejo, tácticas y estrategias metodológicas" y "Formación docente", entre otros.