El acervo del Museo Nacional de Arte quedó contenido en 33 salas, 2 gabinetes de estampa y 2 salas de fotografía, mismas que abarcan el Arte en México de 1550 a 1954. Fueron organizadas de la siguiente manera: Asimilación de occidente (1550-1821), Construcción de una nación (1810-1910), y Estrategias para un México moderno (1900-1954).

Además, se ofrece un recorrido alterno que aproxima a los visitantes a diversas problemáticas del arte, como temáticas, patrocinios, mercados y coleccionismo, entre otros, para lo cual se subdivide en cuatro categorías:

Salas Monotemáticas. Permiten un análisis simultáneo e inmediato del arte de diversas épocas, yuxtaponiendo piezas ya sea por sus cualidades estéticas, temáticas y/o técnicas.

Salas hipertextuales. Ofrecen un espacio intermedio al recorrido histórico-artístico para el análisis más profundo de una obra del acervo de Museo.

Colecciones especiales. Profundiza respecto al fenómeno del coleccionismo como impulsor, patrocinador y mecenas, y como un catalizador del gusto de determinadas épocas.

Salas de orientación. Se caracteriza por ser un espacio de interacción que permite al visitante la reflexión, recreación, conocimiento y experimentación plástica, a través de diferentes estrategias de interpretación.

Entre los beneficios obtenidos a raíz del proyecto munal 2000, destacan: el incremento de los espacios tanto para la exposición permanente, como para las muestras temporales; la incorporación de nuevos sistemas de control climático, iluminación y seguridad; la posibilidad de atención a públicos más numerosos, y la operación de servicios educativos y culturales.