La reforma académica en los Centros Nacionales de Investigación Artística inició en 1996 y contempló la redefinición de líneas y campos temáticos, a partir de los cuales se desarrollaron las políticas institucionales que norman la investigación, la documentación y las relaciones con instituciones pares, así como la vinculación con el ámbito artístico y cultural. Otro aspecto que atendió esta reforma fue el diagnóstico de las causas que limitaban el desarrollo de la investigación, a partir del cual se diseñaron lineamientos generales para esta actividad y se elaboraron los instrumentos de presentación, seguimiento y evaluación. En el corto plazo se establecieron medidas correctivas que contemplaron, según el caso, la cancelación, reprogramación o continuación de los proyectos existentes, así como la planeación de los nuevos proyectos, elaborados de acuerdo con las líneas y campos definidos en la reforma.

Las acciones de difusión cultural y Extensión Académica llevadas a cabo por los Centros tuvieron como propósito dar a conocer los avances en materia de investigación, así como establecer un diálogo permanente con diversas instituciones y personalidades del ámbito académico, para lo cual se realizaron cursos, talleres, mesas redondas y exposiciones. En este aspecto, destacan las Jornadas por Siqueiros; la exposición "Pasos en la danza, recuento de lo más relevante de la danza del siglo xx"; el Coloquio Internacional Silvestre Revueltas; la Cátedra Extraordinaria de Bertold Brecht y el Homenaje a Seki Sano. Asimismo, resultado de la labor de investigación, se editaron títulos diversos, como la Iconografía de David Alfaro Siqueiros, La técnica ilustrada de José Limón, de Daniel Lewis; Detener el tiempo. Escritos musicales, de Salvador Moreno, y Creator principium, de Héctor Mendoza, entre otros.

Entre las acciones de colaboración con instituciones de educación artística de los estados, cabe destacar la llevada a cabo con el Conservatorio de las Rosas, considerado la escuela más antigua de América. Fundado en 1743 como Colegio de Santa María, en 1950 nace como Conservatorio por decreto presidencial, y en 1993 se crea la Fundación del Conservatorio, que tiene como objetivo reunir recursos para lograr su autosuficiencia. A partir de 1994 inicia un proyecto académico integral que amplía la misión del Conservatorio, reestructura los planes de estudio y fortalece la planta docente.