El repertorio de la Compañía se enriqueció con obras de reconocido prestigio nacional e internacional como: Esquina bajan, de Nellie Happee; Onegin, de John Cranko, y Don Quijote, de Carolline Llorca, por mencionar algunas.

Aunado a esto, se fortaleció la participación de coreógrafos mexicanos, con la finalidad de incentivar la creación artística e impulsar a los propios bailarines de la Compañía. Programó temporadas en diferentes foros alternos, para hacer accesibles al público importantes obras coreográficas. En la ciudad de México presentó 575 funciones ante 848928 asistentes.

Con la finalidad de fomentar el gusto por esta disciplina entre los niños, la Compañía programó temporadas de danza escolar e infantil específicamente creadas para este público. De esta manera se presentó la obra Baile de graduación y La Fille Mal Gardeé en el Teatro de la Danza, entre otras.

En 1998, jóvenes de la Compañía Nacional de Danza y del Joven Ballet Francés, unieron la excelencia técnica e interpretativa de sus integrantes en un programa integrado por piezas de danza clásica y contemporánea. Las funciones se presentaron en el Palacio de Bellas Artes, y se estrenaron a nivel mundial las coreografías Agonía de Alejandro Vargas y La salvaje inocencia de Phillippe Tréhet. Como parte de este proyecto se llevaron a cabo clases de intercambio y se realizó una gira por diversas ciudades de la República.

Entre 1995 y 2000, la Compañía realizó giras a diversos estados de la República, y participó en los circuitos del noroeste y centro promovidos por la Coordinación Nacional de Desarrollo Cultural Regional del conaculta; en los Festivales de Danza Contemporánea del Golfo, en las XII Jornadas Alarconianas y en el XXVII Festival Internacional Cervantino. En total, la Compañía presentó durante el periodo 48 funciones y contó con una asistencia de 61676 personas.

Asimismo, realizó varias giras internacionales. En 1995 viajó a Francia y participó en el Festival Le temps d'aimer. Con motivo del Centenario del Teatro Nacional de Costa Rica, la Compañía ofreció, en 1997, tres funciones del ballet Giselle, y en 1998 se presentó una Gala de Ballet en el Jackie Gleason Theatre de Arizona. Durante el periodo la Compañía presentó 10 funciones en el extranjero ante 15300 personas.