Un aspecto fundamental del programa de trabajo fue la creación, en el año 2000, de la Sala Tamayo, concebida para albergar y dar a conocer, de manera permanente, en un espacio idóneo, la obra de tan insigne pintor oaxaqueño, y que se ha nutrido en la colección de obras de Tamayo patrimonio de la nación, bajo la custodia del inba, así como de coleccionistas particulares.

En este aspecto de difusión de la obra de Tamayo y gracias a la adecuación de la infraestructura del museo, con la eliminación de labarra de concreto ubicada en la recepción, se colocó a la entradael mural "Homenaje a la raza india", que había permanecido largos años en bodega.

También como parte de las actividades del Museo de Arte Contemporáneo Rufino Tamayo, se promovieron exposiciones itinerantes basadas en la obra del creador oaxaqueño, tanto en el interiordel país, como en el extranjero. En este último rubro destacaron: "Tamayo", que se montó en Argentina, Uruguay y Chile; "Rufino Tamayo: Pintura, dibujo y gráfica", expuesta en Colombia, y "Rufino Tamayo, 1920-1938", realizada en España.

La exposición monográfica "Tamayo: su idea del hombre", marcó la serie de actividades que se desarrollaron con motivo del centenario del natalicio del pintor, celebración que se hizo extensiva a su tierra natal. Por otra parte, también en 1999 se rindió homenaje a André Breton con la muestra "Festival de lo imaginario".

Con la apertura, en 1999, de la Sala 7 se abrió un espacio dedicado a proyectos contemporáneos, donde en los últimos dos años se presentaron destacados artistas jóvenes como Miguel Calderón, Santiago Sierra, Ernesto Pujol, Minerva Cuevas, Dolores Zinny y Juan Maidagan, y cuya presencia propició el desarrollo de una discusión en torno a los principales temas y problemáticas de las artes plásticas, convirtiendo al Museo en un foro en que el público puede interactuar con creadores, críticos, curadores e investigadores.

Como eje fundamental de las actividades dirigidas al público, se puso especial énfasis en la atención de la población infantil, con proyectos educativos apoyados por el Programa "Alas y raíces a los niños" del conaculta y se amplió la gama de actividades con la constitución de la Red de Niños Amigos del Museo Rufino Tamayo y la integración de la Red de Niños Amigos de los Museos.