La fonoteca se mantuvo también en constante enriquecimiento y actualización. Su acervo se incrementó de 88174 materiales (50669 de programas y 37505 de música) en 1995, a 103954 (59254 de programas y 44700 musicales) en el 2000.

Para garantizar su conservación, los materiales comenzaron a transferirse a tecnología digital (series literarias y de música mexicana, inicialmente). El copiado de todo el acervo fonográfico se estima que concluirá en el año 2003.

La labor de Radio Educación mereció diversos reconocimientos. En la I Bienal Latinoamericana de Radio, se premiaron tres obras de productores de xeep: Mujer civilizada e instruida busca futuro, primer lugar en la categoría de radiodrama; Museo de ruidos, lupanar de sonidos, segundo lugar en la categoría de radioarte; y Pesadillas, tercerlugar en la categoría de radio infantil.

En la II Bienal obtuvieron premio los programas Aventuras al vuelo, primer lugar en la categoría de programas infantiles y Cosas de mujeres, segundo lugar en la categoría de radio indigenista; y en la III Bienal, el programa Carne de ópera obtuvo el primer lugar en lacategoría musical.

El Premio de Periodismo Club Primera Plana-Novartis a las Ciencias de la Vida fue entregado a los programas Relieves, por el tema "Clonación: ¿una revolución científica?", a Línea abierta internacional por su emisión dedicada al mal de Alzheimer y a la emisión Comer bien para vivir mejor.

A la serie Dejemos de ser pacientes, por el programa Ciudad Juárez, entre la vida y la muerte, se le concedió mención honorífica en el marco del Premio Nacional de Periodismo Rosario Castellanos 1998.

Por su parte, el programa El Tíbet, una cultura en extinción, ganó mención especial en el Premio Nacional de Periodismo Cultural Fernando Benítez 1998. El tema del Tíbet recibió también el Premio de Periodismo José Pagés Llergo de la revista Siempre!

Radio Educación logró establecer una dinámica de renovación constante de sus emisiones radiofónicas y la actualización de sus contenidos, acorde con los cambios sociales de México y el mundo y el irreversible proceso de globalización.

El acelerado desarrollo tecnológico le impone el reto de la modernización a fin de mantenerse en la competencia frente a la radio concesionaria.